刑事诉讼法修正案通过后，原有的免予起诉制度不再使用，相关内容纳入不起诉，这就扩大了不起诉的适用范围，以往的不起诉制度的表述及其性质的认定已不能继续沿用。这就需要我们重新界定不起诉的性质。依笔者之见，对不起诉的性质，应从以下几方面来理解：

（一）不起诉是公诉机关依职权作出的

控诉职能是公诉机关的基本诉讼职能。在刑事诉讼中，公诉机关正是基于控诉职能，对于符合法律规定起诉条件的，依法向法院提出诉讼请求，要求法院通过审判确定被告人犯有某种罪行并给予相应的刑事制裁。显然，公诉机关只有对符合法定起诉条件的才能提起诉讼，其它不符合起诉条件或者没有起诉必要的，公诉机关自然依其职权作出不起诉的决定。这种不起诉决定，台湾学者认为是一种司法处分，属检察机关在控方立场所作不追诉的内部意思决定[1]。笔者认为，不起诉决定是检察机关作为国家公诉机关，基于其控诉职能，对不符合起诉条件或没有起诉必要的案件不予追诉的处分决定。

（二）不起诉对案件所作程序上的处分

公诉机关对某一案件作出不起诉的处分，表明公诉机关将不向法院请求进行审判，放弃对犯罪嫌疑人的控诉。实质上是公诉机关依其职权从程序上对案件所作的不予追诉的处分，并非对案件进行实体处分。公诉机关在刑事诉讼中的职能是控诉职能，无权对案件进行实体处分，即公诉机关不能处分当事人的人身和财产。公诉机关作出不起诉决定的案件，如果需要给予被不起诉人行政处罚的，应由公诉机关移交有关主管机关处理，公诉机关有权向行政机关提出检察意见，但其自己不能对被不起诉人进行实体上的处理。不起诉对案件程序上的处理，是基于对案件程序上的认识，但并非实体上的处分，更不能是有罪处理。

（三）不起诉意味着刑事诉讼程序的终止

现代刑事诉讼中有一项公认的基本原则，即“不告不理”原则。其基本含义是对未经起诉的刑事案件，法院不得受理和审判，也就是说，法院对刑事案件进行审理必须以起诉为前提，否则就不能对刑事案件进行审判。因此，从一定意义上讲，起诉意味着启动刑事审判程序，使刑事诉讼进入到审判阶段；而不起诉则表明刑事诉讼不进入审判阶段，阻断了刑事诉讼的继续进行，意味着刑事诉讼程序的终止。这也是不起诉决定的直接法律后果。

（四）不起诉终止法律效力是相对的

不起诉决定一经作出，就具有终止诉讼的法律效力，诉讼不再继续进行。但不起诉这种终止诉讼的法律效力不是绝对的，而是相对的，诚如台湾学者蔡墩铭、朱石炎所指出，案件虽经不起诉处分，无非追诉权之不行使而已，对于同一案件不过限制其再行起诉而已，该案之起诉权依然存在，并未因而消灭，遇有发现新事实或新证据，或者原处分所凭证物已证明其为伪造或变造，或所凭之证言，鉴定或通译已证明其为虚伪，或所凭之通常法院或特别法院之裁判已经确定裁判变更，或参与侦查之检察官因该案件犯职务上之罪已经证明者，得再行起诉[2]。
不难看出，公诉机关不起诉决定的法律效力和法院生效判决的法律效力是有区别的，法院生效的实体判决，也意味着对诉讼案件程序上的终局性处理，依“一事不再理”原则，对该案件不可再向法院提起诉讼。而公诉机关的不起诉决定，显然不具备既判力的法律效力。因此，对于公诉机关作出不起诉决定的案件，如果有了新的证据或发现新事实，符合法律规定的起诉条件的，公诉机关依职权应撤销原来的不起诉决定，依法向法院提起诉讼。对于有被害人的案件，被害人对不起诉决定不服的，也可以向法院提起诉讼，依此作为一种自诉案件，被害人得以寻求法律上的救济，保护其合法权益。

（五）不起诉体现了自由裁量权
新《刑事诉讼法》中，除了在第142条第1款“对犯罪嫌疑人有本法第15条规定的情形之一的”，人民检察院“应当”作出不起诉决定外，在第140条第4款“对于补充侦查的案件，人民检察院仍然认为证据不足，不符合起诉条件的”和第142条第2款“对于情节轻微，依照刑法规定不需要判处刑罚或免除刑罚的”，人民检察院“可以”作出不起诉决定。那么，“可以”作出不起诉决定，意味着人民检察院对于这两种情形的不起诉决定不是必须作出，而是根据一定情况酌定，可以作出，也可以不作出。有的学者将其解释为“酌定不起诉”，把“应当不起诉”称为“法定不起诉”[3]。
通过以上对不起诉性质的分析，笔者认为，不起诉的概念大致可以这样概括：不起诉是指人民检察院对侦查机关移送起诉的案件进行审查后，确认符合法法律规定的终止刑事诉讼的案件，不应或不必对犯罪嫌疑人定罪，从而做出不将案件交付人民法院审判的处理决定。不起诉又分为法定不起诉、证据不足不起诉和酌定不起诉。我国对公诉采取的法定起诉主义为主（指犯罪嫌疑人依法应当被追究刑事责任的检察机关就必须对他起诉），起诉便宜主义为辅的原则（即犯罪嫌疑人依法可以被追究刑事责任，但检察机关有权裁量对他是否起诉），酌定不起诉正是起诉便宜主义的体现，也是法律赋予检察官自由裁量权的反映[4]。